Le microbiome des voies urinaires, également appelé urobiome, abrite divers micro-organismes. Des chercheurs de l’université Mahidol en Thaïlande ont découvert que certaines bactéries de l’urobiome jouent un rôle crucial dans la promotion ou la prévention de la formation de calculs rénaux.
Cette découverte jette un nouvel éclairage sur cette affection douloureuse qui touche environ 10 % de la population.
L’étude, publiée dans la revue Microbiome, a montré que Lactobacillus acidophilus (L. acidophilus) contribuait à prévenir la formation des cristaux de calcium à l’origine des calculs rénaux. En revanche, Escherichia coli (E. coli) favorise la formation de calculs rénaux.
« On sait que les voies urinaires des individus sains abritent plusieurs genres bactériens », écrivent les auteurs, citant Lactobacillus. « Des altérations de cette communauté bactérienne ou du microbiome urinaire ont été signalées dans de nombreuses maladies rénales, y compris la maladie des calculs rénaux ».
Actions contrastées de deux bactéries clés
Les chercheurs ont étudié comment L. acidophilus, que l’on trouve couramment dans l’urine des personnes en bonne santé, pouvait prévenir la formation de calculs rénaux. Ils ont comparé ses effets à ceux d’E. coli, connu pour favoriser la formation de calculs.
L’étude a examiné leurs interactions avec les cristaux d’oxalate de calcium, un composant commun des calculs rénaux.
L’oxalate, qui est obtenu par l’alimentation, se lie généralement au calcium des aliments et sort par les intestins. En d’autres termes, si l’oxalate se lie au calcium dans l’intestin, il n’y a pas de problème. Mais un excès d’oxalate dans l’alimentation, sans calcium, peut être absorbé dans la circulation sanguine, où il se lie au calcium dans l’urine, formant des calculs rénaux d’oxalate de calcium qui ne peuvent pas sortir facilement de l’organisme.
Les résultats ont révélé des effets contrastés :
L. acidophilus :
• Réduit la formation, la croissance et l’agglutination des cristaux d’oxalate de calcium
• Empêche les cristaux d’adhérer aux cellules rénales, ce qui peut entraîner l’augmentation de la taille des cristaux et la formation de calculs rénaux.
E. coli :
• Augmentation de la croissance et de l’agglutination des cristaux
Aucune des deux bactéries n’a dégradé les cristaux de manière significative. Cela suggère que leurs effets proviennent de leur capacité à inhiber ou à promouvoir la formation des cristaux plutôt qu’à les décomposer.
Les deux bactéries peuvent adhérer aux cristaux grâce à la présence de protéines adhésives sur leur surface extérieure, L. acidophilus présentant un pourcentage plus élevé de cristaux liés aux bactéries qu’E. coli. Lorsque ces composants de surface sont éliminés, les bactéries perdent leur capacité à affecter la formation des cristaux.
Les calculs rénaux d’oxalate de calcium se forment lorsqu’une personne qui n’est pas suffisamment hydratée consomme des aliments riches en oxalate dans le cadre d’un régime pauvre en calcium. La quantité de calcium à laquelle l’oxalate peut se lier dans l’intestin est alors insuffisante, ce qui entraîne la cristallisation de l’urine concentrée.
Les calculs rénaux : le lien bactérien
Des micro-organismes existent à différents endroits du corps, notamment dans l’intestin, le vagin et la vessie – ces zones sont appelées microbiomes. Bien que le rôle des bactéries dans l’urine, ou urobiome, ne soit pas encore totalement compris, on pense qu’il fonctionne de la même manière que les autres microbiomes, notamment en maintenant l’équilibre et en régulant les réponses immunitaires.
Plusieurs études ont établi un lien entre le déséquilibre de la communauté microbienne qui réside dans les voies urinaires et diverses maladies urologiques, notamment les calculs rénaux et les infections des voies urinaires.
Les personnes souffrant de calculs ont davantage de « mauvaises » bactéries, comme certaines souches d’E. coli, dans leur urine et leurs calculs. En revanche, les personnes en bonne santé ont une communauté bactérienne plus diversifiée, y compris certaines bactéries bénéfiques qui sont moins fréquentes chez les personnes souffrant de calculs.
Par exemple, les femmes en bonne santé ont souvent plus d’espèces de Lactobacillus telles que L. acidophilus et L. crispatus. En revanche, les personnes souffrant de calculs ont moins de bactéries utiles, ce qui suggère que certaines bactéries pourraient avoir un effet protecteur contre la formation de calculs rénaux.
Alors que de nombreuses études émergentes révèlent comment les différentes bactéries affectent l’organisme, le Dr Sabine Hazan, gastro-entérologue, estime qu’il est important de comprendre que les individus sont différents.
« Ce qui est un bon microbe pour l’un… est en fait un mauvais microbe pour l’autre », dit-elle.
Elle note que la détermination du caractère bénéfique ou nocif d’une bactérie, ou de son rôle significatif dans les processus, reste un sujet de recherche pour l’avenir.
Des bactéries plus saines pour une meilleure santé rénale
Il existe peu de données sur l’amélioration de l’urobiome, mais il pourrait y avoir des moyens d’améliorer sa santé et de prévenir les problèmes urinaires.
Les probiotiques et l’urobiome
Les probiotiques oraux peuvent traverser le tube digestif, coloniser le vagin et influencer la composition de l’urobiome. Bien qu’utiles, ils peuvent être moins efficaces sur l’urobiome que ceux qui sont administrés directement dans le vagin ou la vessie par l’intermédiaire d’un cathéter, qui favorise plus efficacement la colonisation de la vessie et modifie positivement la composition microbienne.
Compte tenu de leur commodité et de leur nature non invasive, les probiotiques oraux peuvent néanmoins contribuer à améliorer la diversité de l’urobiome. Les bonnes sources de probiotiques sont le yaourt, le kimchi et la choucroute.
Le rôle des prébiotiques
La consommation de prébiotiques est essentielle pour favoriser la croissance du microbiome intestinal.
« Manger suffisamment de fibres (25 à 32 grammes par jour), en particulier des fibres prébiotiques, est associé à des changements bénéfiques dans le microbiome intestinal pour la santé en général », a déclaré à Epoch Times Melanie Betz, diététicienne spécialisée dans les calculs rénaux.
Les fibres qui favorisent un microbiome intestinal sain sont probablement la raison pour laquelle un régime alimentaire axé sur les plantes peut aider à prévenir les calculs rénaux, a-t-elle ajouté.
Probiotiques et prévention des calculs rénaux
En plus d’influencer l’urobiome, certains probiotiques se sont révélés prometteurs dans la prévention directe des calculs rénaux.
Une étude in vitro, publiée dans le Journal of Food Science, a montré que la consommation de probiotiques ayant une activité de dégradation de l’oxalate décomposait l’oxalate et réduisait l’inflammation causée par son accumulation, ce qui suggère leur potentiel pour la prévention et le traitement des calculs rénaux.
« Certaines souches de bactéries consomment l’oxalate comme source d’énergie, ce qui réduit l’absorption intestinale de l’oxalate et, par conséquent, les calculs rénaux », explique Melanie Betz.
Autres changements de mode de vie
Outre les probiotiques, d’autres changements de mode de vie peuvent également contribuer à prévenir les calculs rénaux :
Rester hydraté : une hydratation adéquate aide à prévenir les calculs rénaux en réduisant la concentration d’oxalate et de calcium dans l’urine. Des mictions peu fréquentes et la déshydratation sont des causes connues de calculs rénaux.
Ajustements diététiques :
• Si on consomme des aliments riches en oxalate (betteraves, pommes de terre et céréales), il faut les combiner avec des aliments riches en calcium (produits laitiers et poisson) au cours d’un même repas.
• Réduire les repas qui combinent le sodium et l’oxalate.
• Limiter la consommation de protéines animales.
Le Dr Richard Amerling, néphrologue, explique qu’en plus de l’excès d’oxalate, un taux de citrate urinaire faible ou inexistant est un facteur important dans la formation de calculs rénaux.
« Le citrate se lie au calcium dans l’urine et empêche la formation de cristaux de calcium ». « Il s’agit donc d’un inhibiteur de la formation de calculs calciques. Le citrate disparaît dans l’urine lorsque le régime alimentaire est très riche en acide. Pour augmenter le taux de citrate dans l’urine, il faut donc augmenter la consommation de base ou d’alcali, comme le bicarbonate de sodium ».
Les calculs d’acide urique, un autre type de calculs rénaux, sont causés par une excrétion excessive d’acide urique dans l’urine.
« Le principal facteur contribuant à la production d’acide urique dans l’organisme est en fait le fructose présent dans le sucre. Par conséquent, si l’on veut prévenir les calculs rénaux dus à l’acide urique, il faut éviter le sucre », a ajouté le Dr Amerling.
Il est également important de faire attention aux sources alimentaires.
« E. coli joue un rôle dans la digestion. Toutefois, à un certain niveau, il devient pathogène », a précisé le Dr Hazan.
Elle a ajouté que certains aliments, comme les légumes, les fruits et les viandes, contiennent plus d’E. coli que d’autres.
« Il y a beaucoup de contamination de produits qui pourraient avoir – nous pensons que nous prenons un produit naturel-, et il peut y avoir une certaine contamination qui en fait augmente le niveau d’E. coli », a expliqué le Dr Hazan.
Selon elle, il est possible d’atténuer ce problème en faisant attention à l’endroit où les gens se procurent leurs produits.
En adoptant ces stratégies et en maintenant un urobiome sain, les gens peuvent réduire leur risque de calculs rénaux et améliorer la santé générale de leurs voies urinaires.
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