Pourquoi les scientifiques sont obsédés par les bestioles présentent dans nos selles

Dans cette série, nous vous expliquerons comment les derniers développements de cette médecine d’avant-garde transforment notre approche de la maladie et offrent de nouvelles stratégies pour guérir et prévenir les maladies.

Conclusions précédentes : Les rôles joués par les microbes dans l’organisme ont été associés à des processus qui semblent protéger contre les maladies. Lorsque la maladie survient, le lien est la dysbiose, ou un mauvais équilibre des micro-organismes, mais la science est trop récente pour que l’on puisse en tirer des conclusions précises.

Quels microbes spécifiques – bactéries, virus et champignons – et en quelles quantités précises peut-on trouver dans les selles d’un être humain normal et en bonne santé ?

C’est une question étrange, mais importante car elle constitue l’un des rares indices dont nous disposons sur ce qui se passe à l’intérieur du microbiome intestinal. Cette communauté microbienne joue plusieurs rôles essentiels, notamment en contribuant à la création d’hormones et en fournissant les composants clés de notre système immunitaire. Malheureusement, elle est aussi notoirement difficile à étudier. L’un des rares aperçus que nous pouvons avoir de son fonctionnement interne est ce qui sort de nous.

D’ici à la fin de l’année, les chercheurs espèrent utiliser les informations contenues dans les selles pour classer le microbiome intestinal.

Cette nouvelle norme fécale sera établie à partir d’échantillons de selles de donneurs sains représentant des régimes omnivore et végétalien – 5.000 de chaque – qui seront regroupés et homogénéisés. Ces échantillons seront ensuite soumis à un nouveau processus qui les rendra stables à l’entreposage.

Le microbiome étant essentiel à notre santé, il est important de disposer d’un point de repère pour le mesurer. Par exemple, si nous n’avions aucune idée de ce qu’est une tension artérielle saine, nous ne saurions pas quand une personne est exposée à un risque de maladie grave à cause de l’hypertension.

Selon Scott Jackson, chef du groupe des systèmes microbiens complexes au National Institute of Standards and Technology (NIST), la nouvelle norme espère résoudre un problème d’incohérence dans la science, qui utilise actuellement une douzaine ou plus de « contrôles » différents pour les études.

Idéalement, cela se traduira par une amélioration des outils de diagnostic, des tests de laboratoire, des probiotiques et d’autres produits liés à l’intestin qui inondent déjà le marché de la consommation sans aucune réglementation ni surveillance. Actuellement, la Food and Drug Administration américaine n’approuve pas les tests ou les suppléments, bien que de nombreux produits soient disponibles.

Le défi auquel sont confrontés les scientifiques réside en partie dans le fait que le microbiome parfait n’existe peut-être plus, en raison de l’omniprésence de divers produits chimiques, des aliments transformés et des effets microbiens de nombreux médicaments, nettoyants et herbicides.

Il n’y a aucune garantie que les communautés scientifiques et médicales l’adoptent un jour de manière unanime.

On espère qu’il s’agira de la première référence significative dans ce domaine scientifique émergeant dont la complexité dépasse l’entendement. Même ceux qui réalisent des études sur le microbiome ne peuvent pas dire ce qu’est réellement la référence en matière de santé.

« Qu’est-ce qui est bon ? Je n’en sais rien. Nous ne le savons pas. Nous pouvons vous donner un guide de terrain, cataloguant les organismes tels que nous les voyons. Ce que cela signifie reste relativement sans réponse », a déclaré le Dr Neil Stollman, président du service de gastro-entérologie de l’Alta Bates Summit Medical Center, lors d’une présentation à l’occasion de la réunion sur le microbiome à Malibu en mars dernier.

Le Dr Jackson a expliqué aux médecins présents à la réunion de Malibu sur le microbiome que la norme consistera en « des matières fécales humaines bien caractérisées auxquelles la communauté scientifique pourra se référer ».

Un aperçu de l’évolution de la santé

Si la plupart des microbiomes humains se ressemblent quelque peu, ils sont aussi incroyablement diversifiés, chaque personne ayant un nombre et un équilibre différents de microbes. Notre écosystème interne peut également perdre des commensaux (les bonnes bactéries), souffrir d’une perte de diversité et connaître des excroissances, bien que les raisons précises ne soient pas bien comprises, a déclaré le Dr Stollman.

Un microbiome plus diversifié est généralement associé à une meilleure santé. Une étude a montré qu’après plusieurs semaines d’un régime alimentaire comportant davantage d’aliments fermentés, la diversité s’améliorait. Cela reflète la plasticité de la composition du microbiome, qui peut être affectée par toutes sortes de facteurs, de l’alimentation au stress, en passant par les médicaments.

Dans l’ensemble, cependant, on pense que notre microbiome est stable après avoir subi des changements rapides au début de son développement. En d’autres termes, tant que le cours de notre vie reste globalement stable. Une étude intéressante a montré que l’écosystème intestinal des immigrants américains s’est transformé pour ressembler à un microbiome plus occidental après neuf mois d’installation dans le pays.

D’autres recherches ont montré que les niveaux de bactéries peuvent également changer en réponse à l’exercice, au sommeil et aux stratégies de gestion du stress telles que la méditation.

Les bons et les mauvais côtés de la technologie

L’évolution de la technologie permet aux scientifiques d’observer le microbiome en détail comme jamais auparavant. Il s’agit d’une science complexe qui nécessite non seulement de cartographier une incroyable diversité de microbes, mais aussi d’essayer de comprendre le fonctionnement de chacun d’entre eux et les effets qu’ils peuvent avoir. La métagénomique est un domaine d’étude axé sur le séquençage et la fonction de l’ADN microbien. Les nouvelles méthodes de séquençage shotgun sont de plus en plus rapides et permettent d’identifier des types de microbes moins abondants.

Il existe des dizaines de kits d’extraction d’ADN, de méthodes de séquençage et d’applications logicielles nécessaires sur lesquels les chercheurs s’appuient pour ce travail. Tout écart subtil, tel que des différences d’équipement, peut affecter les résultats, a expliqué le Dr Jackson.

Le simple fait d’étudier des organismes aussi petits et réactifs peut influer sur leur comportement. C’est un peu comme si un géant aussi grand que le ciel essayait de comprendre comment les gens vivent en arrachant les toits de leurs maisons. Il n’est pas difficile d’imaginer que les observations d’un tel géant pourraient être affectées si l’on ne s’intéressait qu’aux plus grandes maisons ou aux plus grandes villes.

Alors que le NIST déploie sa nouvelle méthode de mesure du microbiome, le Dr Jackson s’empresse de souligner que les chercheurs doivent être attentifs aux préjugés, qui peuvent s’immiscer à de nombreux stades de l’étude.

« Il y a des subtilités à chaque étape de ce processus de mesure, de la manière dont vous collectez et stockez votre échantillon à la manière dont vous analysez et interprétez vos résultats, et tout ce qui se trouve entre les deux », a-t-il expliqué. « En fin de compte, il faut se demander dans quelle mesure mon échantillon est vraiment représentatif. »

Même le nombre exact de microbes dans l’intestin fait l’objet d’un débat après qu’un groupe de scientifiques a finalement décidé de vérifier la statistique de 100.000 milliards de microbes souvent citée. L’équipe de l’Institut Weizmann des sciences a déterminé qu’il pourrait s’agir d’environ 39 billions de cellules bactériennes vivant parmi environ 30 billions de cellules humaines.

Une science pleine d’inconnues

Selon M. Stollman, il se peut que l’analyse des selles soit un moyen moins efficace d’en savoir plus sur le microbiome intestinal.

« Il n’est pas certain que les microbes que vous expulsez soient les mêmes que ceux qui travaillent dur pour vous dans la paroi de votre côlon », a-t-il déclaré.

Si le prélèvement de selles est le moyen le plus simple d’évaluer le microbiome intestinal, des études suggèrent que les microbes du rectum, du gros intestin et de l’intestin grêle présentent tous une certaine variabilité. L’écologie peut même être différente d’une zone du côlon à l’autre.

Pourtant, certains laboratoires affirment que leurs analyses de selles peuvent fournir des informations pour une santé de précision.

Le Dr Ari Grinspan, professeur agrégé de médecine et directeur du programme de transplantation de microbiote fécal à l’hôpital Mount Sinaï, a déclaré à Epoch Times que si ces tests peuvent avoir une certaine valeur, les résultats augmentent souvent prématurément les attentes en matière de traitement.

« Lorsque les patients viennent dans votre cabinet et qu’ils ont dépensé beaucoup d’argent pour obtenir les résultats de ces tests, ils arrivent et se disent : ‘ La réponse est quelque part là-dedans, docteur. Que dois-je faire, quel mélange de probiotiques, que dois-je manger pour aller mieux ? ‘ Il n’y a tout simplement pas de base clinique pour faire quoi que ce soit d’utile. »

Les tests peuvent également susciter des craintes inutiles. Par exemple, de nombreuses personnes, en particulier celles qui travaillent dans le secteur de la santé, ont de faibles niveaux de Clostridioides difficile (C. difficile) dans leur microbiome. Bien qu’il soit associé à une infection très dangereuse qui entraîne la mort chez environ 10 % des personnes âgées qui la contractent, le C. difficile peut également être un colonisateur asymptomatique.

En d’autres termes, selon le Dr Stollman, le simple fait d’avoir de faibles niveaux de C. difficile n’est pas inquiétant dans un microbiome sain. Les personnes qui tombent malades le font souvent dans un environnement hospitalier – où il est pratiquement impossible de désinfecter pour lutter contre ce microbe coriace – principalement lorsqu’elles sont sous antibiotiques pour une autre infection. Le facteur déterminant d’un dangereux C. difficile et de nombreuses autres infections, n’est pas tant la bactérie qu’un microbiome dysbiotique.

Lire la 1ère partie – Tuer les bactéries à l’aide d’antimicrobiens et d’antibiotiques pourrait être une erreur de jugement, selon de nouvelles données scientifiques sur le microbiome.

Lire la 2ème partie – Comment l’intestin guérit et crée des maladies