Nous sommes peut-être à l’aube d’un nouveau paradigme médical si ce que les scientifiques découvrent sur le microbiome se retrouve un jour dans le cabinet du médecin.
Dans cette série intitulée « Cultiver notre microbiome intestinal pour étouffer la maladie », nous vous expliquons comment les dernières avancées dans ce domaine médical transforment notre approche de la maladie et proposent de nouvelles stratégies de guérison et de prévention.
La médecine moderne a progressé en grande partie en faisant la guerre aux germes, c’est-à-dire en éliminant les créatures microscopiques qui causent des maladies avant qu’elles ne nous tuent.
La découverte, au XIXe siècle, que les micro-organismes étaient à l’origine des maladies infectieuses, principale cause de décès à l’époque, a conduit les scientifiques à s’accorder sur le fait que les « microbes » représentaient un grand danger pour l’humanité, une position qui a été intégrée dans les politiques et l’idéologie jusqu’à aujourd’hui. Les progrès de la santé publique au XXe siècle ont prouvé que le contrôle des épidémies infectieuses prolongeait l’espérance de vie et réduisait la mortalité infantile et maternelle.
Cette époque a été marquée par de grandes réalisations médicales.
Les taux de mortalité ont rapidement diminué, même avant l’introduction de la pénicilline et des vaccins, grâce à l’assainissement public et à une meilleure hygiène dans les hôpitaux, qui ont transformé la santé publique. La production massive d’antibiotiques est apparue dans les années 1940, d’abord pour les soldats blessés, puis a explosé dans la sphère publique. Ces nouvelles armes antimicrobiennes ont permis de guérir des millions d’infections et de sauver de nombreuses vies. Cependant, les antibiotiques ont également eu des conséquences qui pèsent sur les soins de santé d’aujourd’hui : les infections par les superbactéries et l’augmentation de toutes les maladies.
Le bon, le mauvais et généralement le laid
Le monde microbien est très diversifié. S’il est vrai que certains microbes provoquent des maladies, dire que tous sont des tueurs reviendrait à qualifier tous les chiens de tueurs à cause de quelques-uns d’entre eux.
Les chercheurs ont appris qu’il est profondément erroné de considérer les microbes comme pathogènes ou responsables de maladies. En fait, le monde microbien comprend des bactéries, des virus et des champignons qui favorisent largement la santé. Les êtres humains abritent une vaste communauté microbienne, ou microbiome, qui forme une sorte d’organe détaché dont les interactions nous maintiennent en vie. Ces minuscules créatures ne sont peut-être pas mignonnes, mais elles sont essentielles.
« Il existe un consortium d’organismes en nous, sur nous et autour de nous. Il y en a des billions », a déclaré le Dr Neil Stollman à ses collègues médecins lors d’une récente réunion sur le microbiome à Malibu. « Lorsque nous perdons des microbes, nous risquons que d’autres microbes nous fassent du mal. Ils sont intimement impliqués dans le développement de notre système immunitaire. Et nous les aidons. Nous leur fournissons un foyer et des nutriments. »
Le Dr Stollman est président du service de gastro-entérologie de l’Alta Bates Summit Medical Center à Oakland, en Californie, et ancien président de l’American College of Gastroenterology (collège américain de gastro-entérologie).
Des bestioles partout
Chaque personne possède un microbiome qui lui est propre, ainsi que des microbiomes distincts dans les différentes parties de son corps. Nous avons des microbes, par exemple, sur notre peau et dans notre bouche, nos poumons, nos voies nasales, nos voies urinaires et surtout notre tractus gastro-intestinal, et certains de ces microbes sont effectivement associés à des maladies. Une base de données propose 5.677 associations entre 1.781 microbes et 542 maladies humaines sur plus d’une vingtaine de régions du corps.
Il n’est pas surprenant que le tractus gastro-intestinal soit associé à 37 % de ces associations, la cavité buccale venant ensuite avec moins de 10 %. Toutefois, cela ne signifie pas que les chercheurs comprennent parfaitement ce domaine. Selon le Dr Sabine Hazan, plus de 95 % des microbes restent un mystère. Gastro-entérologue et chercheuse, elle a présenté les découvertes sur le microbiome réalisées au cours des quatre dernières années lors de la réunion de Malibu sur le microbiome en mars dernier.
« Nous n’avons aucune idée de leur nom et de leur rôle, et il est possible qu’ils soient à l’origine de maladies », a déclaré Mme Hazan. Cela signifie également que les chercheurs ne connaissent pas les rôles synergiques précis que ces microbes jouent dans l’organisme et qui nous maintiennent en vie et en bonne santé. Cet ensemble de microbes, ou flore, reste en grande partie un mystère, bien qu’il s’agisse d’un domaine qui intéresse vivement les chercheurs.
De minuscules organismes pour de grandes tâches
Les études sur le microbiome tendent à se concentrer sur l’intestin, où nos microbes configurent la majorité de notre système immunitaire. Des niveaux élevés de certaines bactéries bénéfiques nous aident à organiser une réponse robuste aux virus envahissants, par exemple. Nous savons aujourd’hui que la diversité de la flore protège contre les maladies.
D’autres processus qui se déroulent dans l’intestin sont essentiels à la vie, notamment le métabolisme, la régulation hormonale et la fonction neurologique. Divers microbes présents dans l’intestin déclenchent une chaîne de signaux vers les cellules impliquées dans la libération d’hormones et les processus métaboliques tels que la sensibilité à l’insuline, l’appétit et le stockage des graisses. Les troubles métaboliques tels que la résistance à l’insuline et les maladies du cœur et du système circulatoire, ainsi que les troubles endocriniens qui affectent les organes dépendant des hormones, s’appuient tous sur le microbiome.
L’acceptation de la notion de lien entre l’intestin et la santé mentale a fluctué pendant des décennies, mais les processus métaboliques déclenchés par les bactéries peuvent affecter à la fois la perméabilité de la muqueuse intestinale et les voies inflammatoires. Ces deux phénomènes peuvent affecter la santé mentale, ainsi qu’une pléthore d’autres conditions et systèmes physiologiques, et sont aujourd’hui largement reconnus.
Défaire une longue histoire de l’hygiène
Historiquement, et même jusqu’à l’épidémie de Covid-19, la médecine a été obsédée par les microbes pathogènes, alors que les bactéries commensales (utiles) n’ont pas été reconnues pour le travail de fond qu’elles accomplissent pour nous maintenir en vie et en bonne santé.
Le problème est en quelque sorte historique. Il remonte à nos premières conceptions du monde microbien, lorsque des médecins, dont Ignaz Semmelweis, ont émis l’hypothèse, dans les années 1840, que les médecins et les étudiants en médecine transmettaient des « particules de mort » depuis les salles d’autopsie où ils commençaient leur journée de travail jusqu’aux cliniques où ils pratiquaient des accouchements pendant le reste de la journée.
C’est ainsi qu’est née la pratique du lavage systématique des mains, qui a eu des effets immédiats et observables. Mais lorsque nous avons appris que de nombreux microbes jouaient un rôle bénéfique, des industries massives s’étaient déjà développées autour de la guerre contre les microbes. La transformation des aliments, les cultures traitées chimiquement et la dépendance excessive à l’égard des produits pharmaceutiques ont détruit des volumes considérables de microbes bénéfiques pour la santé.
L’un des résultats de cet assaut est le dilemme apparemment sans fin des superbactéries mortelles qui sont devenues résistantes aux antibiotiques. Les allergies, l’asthme, les troubles auto-immuns et les maladies inflammatoires de l’intestin ont tous été liés à la stérilisation excessive de notre environnement microbien. La destruction des microbes est une industrie de plusieurs milliards de dollars.
« Il est clair que certains voudront défendre le passé et même le statu quo. C’est normal », écrit le Dr David Perlmutter, neurologue et membre de l’American College of Nutrition, dans son livre Brain Maker. « Je pense qu’il est bien plus important de briser les liens de ces contraintes et de reconnaître que notre science la plus passionnante et la plus respectée nous offre une opportunité incroyable de retrouver la santé grâce à la force exercée par le microbiome. »
Le changement philosophique de la médecine
La médecine est à la croisée des chemins : continuer sur la voie antimicrobienne actuelle ou réinitialiser notre paradigme médical en tenant compte du fait que nos différents microbiomes contribuent à notre survie tout en luttant contre les infections et les maladies.
Bon nombre des maladies à croissance rapide auxquelles nous sommes confrontés aujourd’hui, telles que l’autisme et les troubles auto-immuns, sont désormais liées à la santé du microbiome. Une combinaison de facteurs liés au mode de vie – des aliments qui nourrissent les mauvais microbes à l’exposition systématique aux produits chimiques et aux antibiotiques inutiles – a sans aucun doute fait des ravages sur nos microbes symbiotiques et sur notre santé, a déclaré le Dr Sabine Hazan.
« Avons-nous tué notre microbiome ? Se pourrait-il que nous en fassions trop ? », a-t-elle demandé.
Les concepts de santé de précision et de nutrition personnalisée dépendent d’une compréhension approfondie du microbiome intestinal, une course qui a stimulé l’investissement dans de nouvelles entreprises dont les promesses dépassent de loin les recherches disponibles.
Les scientifiques présents à la réunion de Malibu sur le microbiome ont fait part d’affirmations absurdes concernant des produits qui insinuent qu’un seul probiotique peut inverser des maladies spécifiques.
« Croire qu’il suffit de prendre un comprimé d’une bactérie particulière pour résoudre son problème et assurer une belle homéostasie à son écosystème microbien est absurdement simpliste et absolument faux », a indiqué M. Stollman.
Pourtant, il existe aussi des études de cas miraculeux qui témoignent d’une promesse incroyable. Des essais sont en cours, à un rythme rapide. En fait, plus de 80 % des recherches sur le microbiome ont été menées depuis 2017, selon M. Stollman.
« Il y a une véritable manie autour du biome. Je pense que cette manie n’est pas tant basée sur la question de savoir si nous pouvons améliorer notre santé, mais plutôt sur celle de savoir si nous pouvons diagnostiquer une maladie et la traiter », a-t-il ajouté.
Le défi à relever est de taille. Au-delà des protocoles médicaux obsolètes, comme l’utilisation inconsidérée d’antibiotiques, il faut comprendre le volume stupéfiant de microbes et d’interactions microbiennes. Si l’on considère que nos cellules réalisent des opérations chimiques complexes à une échelle et avec une complexité qui dépassent tout ce que la science moderne peut égaler, imaginez la complexité supplémentaire de trillions de micro-organismes qui font la même chose.
2eme partie : La science du microbiome est peut-être récente, mais les chercheurs ont établi des liens indéniables entre diverses bactéries et des maladies spécifiques. La vérité de l’affirmation d’Hippocrate selon laquelle « toute maladie commence dans l’intestin » commence à être reconnue par les scientifiques d’aujourd’hui.
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